Les innovations comme le séquençage de nouvelle génération (SNG) et les thérapies anticancéreuses ciblées se sont révélés remarquablement prometteurs dans le traitement du cancer; cependant, leur utilisation en contexte clinique n’est pas encore généralisée.
Dans une étude de grande envergure appelée Ontario-wide Cancer Targeted Nucleic Acid Evaluation (OCTANE) on s’efforce, depuis 2016, d’assurer le passage de ces puissants outils du laboratoire à la pratique clinique. L’IORC et cinq grands centres de cancérologie de l’Ontario, soit le Centre de cancérologie Juravinski, le Centre des sciences de la santé de Kingston, le Centre des sciences de la santé de London, le Centre de cancérologie Princess Margaret et le Centre de cancérologie de L’Hôpital d’Ottawa, réalisent le SNG du génome des cancers dont sont atteints les patients et aident à déterminer le traitement qui convient le mieux à ces derniers en examinant les détails génomiques particuliers de leur maladie.
Depuis le lancement de l’étude OCTANE, plus de 2 700 patients ontariens présentant des tumeurs solides à un stade avancé se sont inscrits au programme, ce qui a permis d’intégrer ces technologies de pointe à la pratique clinique et d’offrir à ces patients une meilleure chance d’être traités avec succès.
On a recours au SNG depuis longtemps en contexte de recherche pour examiner les détails génomiques des cancers afin de comprendre ce qui a causé le développement des tumeurs et leurs vulnérabilités potentielles. Les efforts déployés pour que les patients puissent bénéficier de tests génomiques faisant appel au SNG sont au cœur de l’étude OCTANE, comme le criblage d’échantillons de tissus cancéreux contre un panel de 50 à 163 gènes réalisé dans les laboratoires d’hôpitaux pour dresser un portrait exhaustif des mutations pouvant être ciblées par les traitements.
Philippe Bedard
« L’introduction d’une nouvelle technologie en milieu hospitalier s’accompagne toujours de difficultés et ne garantit pas toujours que les choses fonctionneront comme prévu », explique le Dr Philippe Bedard, oncologue médical au Centre de cancérologie Princess Margaret et co-investigateur principal de l’étude OCTANE. « Dans notre cas, nous introduisions cette nouvelle technologie non pas dans un seul centre de cancérologie, mais dans cinq établissements ayant chacun des procédures et des flux opérationnels établis. Donc, pour l’équipe d’OCTANE, la grande question dès le départ était de savoir si les résultats seraient les mêmes d’un établissement participant à l’autre. »
Dans le cadre de l’étude OCTANE, on s’est penché sur cette question et les résultats obtenus sont remarquables : on a constaté une concordance technique parfaite entre les cinq établissements participants, ce qui indique de façon déterminante que l’intégration de ces tests dans la pratique clinique est une réussite.
Lillian Siu
L’étude OCTANE fait bien plus qu’appuyer l’intégration des tests génomiques faisant appel au SNG dans les laboratoires cliniques; elle favorise également la création d’une base de données cliniques et génomiques massive. Cette base de données vise deux objectifs : aider les cliniciens à trouver des traitements homologués ou expérimentaux pour les patients admis à l’étude OCTANE et servir de ressource pour les chercheurs en cancérologie en leur donnant un point de départ pour l’élaboration de nouvelles études ou la mise au point de biomarqueurs et de traitements ciblés novateurs. Cette année, la base de données s’est dotée d’une nouvelle fonctionnalité qui signale les mutations génétiques décelées par SNG ciblées dans un essai clinique, ce qui permet de mieux aider les cliniciens à diriger les patients vers les essais qui pourraient leur être bénéfiques.
« Nous avons doté nos systèmes de fonctionnalités qui peuvent aider les oncologues et, par le fait même, leurs patients à prendre des décisions relatives au traitement. » - Dre Lillian Siu
Introduire les tests génomiques évolués n’est que la première étape de la démarche visant à faire bénéficier les patients de la médecine de précision, la seconde étant de déterminer ce qu’il faut faire de l’abondance de données que ces tests permettent d’obtenir. « La simple consultation des résultats ne permet pas toujours de déterminer clairement le traitement à instaurer », dit la Dre Lillian Siu, directrice du programme Phase I au Centre de cancérologie Princess Margaret et co-investigatrice principale de l’étude OCTANE. « Nous avons doté nos systèmes de fonctionnalités qui peuvent aider les oncologues et, par le fait même, leurs patients à prendre des décisions relatives au traitement. » Une part importante du travail effectué par la base de données consiste à déterminer les essais cliniques qui pourraient bénéficier aux patients ayant épuisé les options thérapeutiques classiques.
Les patients qui s’inscrivent à l’étude OCTANE contribuent également à d’autres projets de recherche en fournissant des données ainsi que des échantillons de sang et de tissus. Ces échantillons sont conservés à l’IORC dans la Banque de tumeurs de l’Ontario et font l’objet d’un séquençage supplémentaire à des fins de recherche au Laboratoire de génomique translationnelle de l’IORC et du Centre de cancérologie Princess Margaret.
« L’étude OCTANE et ses participants représentent le point de départ de la prochaine vague de médecine de précision et favorisent la recherche dans ce domaine en Ontario. » - Dr Philippe Bedard
« Le cadeau que nous font ces personnes est extrêmement précieux pour la recherche sur le cancer. En examinant des milliers de cas, nous avons une vue d’ensemble de ce qui cause des sous-types de cancer particuliers et de la meilleure façon de les traiter, soutient M. Bedard. L’étude OCTANE et ses participants représentent le point de départ de la prochaine vague de médecine de précision et favorisent la recherche dans ce domaine en Ontario. »
On observe une forte utilisation de la base de données de l’étude OCTANE à des fins de recherche, plusieurs groupes de recherche sur le cancer ayant maintenant recours aux données pour alimenter leurs études. La portée des avantages de l’étude OCTANE pour la recherche a augmentée en 2017 lorsqu’un sous-ensemble de données génomiques et cliniques s’est ajouté au projet GENIE (Genomics Evidence Neoplasia Information Exchange) de l’American Association for Cancer Research, un consortium d’envergure mondiale regroupant 18 centres de cancérologie de premier plan.
L’étude OCTANE a pris de l’ampleur depuis son lancement en 2016 et elle continuera de le faire grâce à l’ajout de nouveaux établissements cliniques au cours de la prochaine année et à l’utilisation d’un plus grand panel de gènes pour les tests dans tous les établissements participants.
« Grâce à cela, un plus grand nombre d’Ontariens auront accès à la médecine de précision et nous pourrons fournir à leurs médecins des données génomiques encore plus solides pour les aider à orienter le traitement, déclare M. Bedard. De concert avec nos patients, nous avons fait en sorte que l’étude OCTANE rende le traitement de précision du cancer plus accessible en Ontario et qu’elle puisse avoir des répercussions encore plus importantes à l’avenir. »